Adaptateurs pour la préparation de banques ADN pour le NGS Illumina
Le séquençage de fragments aléatoires d'ADN est possible par l'addition de courtes séquences nucléotidiques qui permettent à tout fragment d'ADN de:
1. Se lier à une flow cell, support utilisé pour le séquençage nouvelle génération par la technologie Illumina®
2. Permettre l'enrichissement PCR des fragments d'ADN liés par adaptateur uniquement
3. Permettre l'indexation ou le «barcoding» des échantillons afin que plusieurs bibliothèques d'ADN puissent être mélangées ensemble dans un même séquençage (appelée multiplexage)
Pendant la préparation de la banques, chaque fragment d'ADN est polyadénylé à ses extrémités pour permettre la liaison des adaptateurs.
Les adaptateurs pour Illumina® sont les suivants :
# TruSeq Universal Adapter:
5 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC*T 3
# TruSeq Indexed Adapter
5 P*GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACNNNNNNATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG 3
Les étoiles indiquent une liaison phosphorothioate entre les derniers C et T pour empêcher le clivage du dernier T. Le groupe phosphate sur l'adaptateur indexé est nécessaire pour la liaison de l'adaptateur au fragment d'ADN.
Le NNNNNN dans l'adaptateur indexé ci-dessus représente le code à barres. Inversez l'adaptateur indexé et notez comment les 12 dernières bases sont complémentaires.
P5 et P7 : Sites d'attachement à la flow cell
ID : Index
Adapter : Sites de liaison d'amorces de séquençage
DNA fragment : Fragment d'ADN à séquencer
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